甲建物と乙建物のいずれにも抵当権の設定の登記がある場合において、乙建物についてのみ抵当権の債権額の変更の登記がされているときは、建物の合併の登記をすることができない。
解答：○
担保権の移転の仮登記や変更の登記も双方で同一なら合併できるが、一方だけならできない。
条文と通達のとおり。
根拠昭58.11.10民三6400号昭和58年11月10日付け民三第6400号通達 第19-一-3（一部にのみ処分・変更の登記がある場合）
出典：法務省 平成25年度 土地家屋調査士試験を加工して作成
平成25年度・問17
土地家屋調査士 平成25年度 過去問・解答 問17
平成25年度土地家屋調査士試験の問17です。全5肢の問題文と○×の解答を掲載しています。
問題文・条件
乙建物を甲建物に合併する建物の合併の登記に関する。
乙建物についてのみ抵当権の設定の登記がある場合においても、当該抵当権の抵当権者が当該抵当権を消滅させることを承諾したことを証する情報を提供すれば、建物の合併の登記をすることができる。
解答：×
一方の建物にだけ抵当権の登記があるときは、消滅の承諾情報を出しても合併できない。
乙建物にのみ抵当権の設定の登記があるから5号に当たる。
出典：法務省 平成25年度 土地家屋調査士試験を加工して作成
甲建物と乙建物のいずれにも賃借権の設定の登記がある場合においても、建物の合併の登記をすることができる。
解答：×
除外されるのは担保権と信託の登記だけで、賃借権・買戻し・工場財団の登記があると合併できない。
賃借権は所有権等以外の権利だから5号に当たる。規則131条が挙げるのは受付や原因が同一の担保権と登記事項が同一の信託だけで、賃借権はどちらでもない。
出典：法務省 平成25年度 土地家屋調査士試験を加工して作成
甲建物と乙建物がいずれも区分建物であり、甲建物についてのみ敷地権の登記があるときにおいても、建物の合併の登記をすることができる。
解答：○
敷地権の登記の有無・敷地権の割合の相違・一方が区分建物でないことは、いずれも建物の合併の制限事由にならない。
条文と通達とこのサイトで定めたルールのとおり。
根拠法56条昭和58年11月10日付け民三第6400号通達 第10-1（区分建物の合併の登記の申請情報）このサイトで定めたルール（規定なし）
出典：法務省 平成25年度 土地家屋調査士試験を加工して作成
甲建物と乙建物のいずれにも所有権の仮登記がある場合には、建物の合併の登記をすることができない。
解答：○
所有権に関する仮登記がある建物は、受付の年月日等が同一でも合併できない。
所有権の仮登記は所有権等の登記そのものではなく、5号の「所有権等の登記以外の権利に関する登記」に当たる。規則131条の担保権にも信託にも入らない。
出典：法務省 平成25年度 土地家屋調査士試験を加工して作成
解説は、条文・通達・判例の原典に当たって書いたものです。根拠として挙げた条文はリンク先でそのまま読めます。